密切配合醫護人員，使病患得到身、心、靈完整醫治(Total Healing)是院牧人員的基本任務。目前本院病床數：台北院區1,130床、淡水院區925床。
一、新進病患關懷事工
關懷師及牧師有專責樓層，透過關懷師或義工之關懷慰問，讓每一位來馬偕紀念醫院住院的患者都能得著關懷。
二、手術前病患關懷事工
關懷師、牧師依各病房開刀病患的名單前往病房關心禱告；台北院區並於週一至週六上午8-12點，於開刀房等候室安排一位義工參與服事關懷。
三、急診關懷事工
安排關懷義工至急診成人診候區慰問：了解病患身心靈的需要與問題，並針對病患的需要與問題給予精神鼓勵和支持、期待代禱者帶領禱告。
四、安寧共同照護病患靈性關懷
由安寧共同照護同工提供需要靈性關懷之共照病患名單，並由該病房之關懷師前往病房關懷病患與家屬。
五、特殊病患關懷
◎身心病患–台北5C；34病房舉行平安團契禮拜
◎安寧病患–淡水31；33病房；臨終病患的關懷
◎護理之家–帶領老年人身心靈活動的關懷
◎日間照顧–昌吉街老年人身心靈活動的關懷
◎兒童病患–週一、週六為兒童舉行特別聚會
◎聖別禮拜、病患受洗；主日禮拜—淡水安寧2樓禮拜堂、台北2樓第一講堂馬偕教會
◎轉介教會；出院追蹤；特殊宗教節慶活動
六、設立禱告安靜空間
每層病房設置安靜的禱告空間，讓病人或家屬在憂傷中可以尋求更高力量的幫助。另外，也可以有獨立不受干擾的安全空間，讓醫療人員、社工或關懷人員與病人和家屬會談。除此之外，淡水院區安寧中心並設有小禮拜堂提供病人或家屬安靜或儀式的舉行。
七、播放祝福的晚禱
每晚9:30固定撥放牧師祝福的禱告，以安定病人及家屬的心靈，使他們有安穩的睡眠，重新得力。
八、逝世患者共同追思禮拜
為追念曾經來本院就診，業己蒙召安息主懷的人，於每年復活節前後的週六下午，舉行聯合紀念追思禮拜。讓遺族們一起在耶穌基督受難的時刻，再思苦難意義，願耶穌基督復活的生命，陪伴渡過悲傷，化悲慟為力量。