本院創設的宗旨，是要以基督救世之博愛精神，使患者肉體、精神、心靈都得到完整的醫治（Total Healing），以達成醫療傳道的使命。
院牧部是一群受過神學、心理學及輔導專業訓練的人員所組成的團隊，院牧人員本著醫院創設之宗旨，與醫護人員密切合作，共同為患者服務，一方面致力於病患心理、靈性的關懷，以落實醫院全人關懷的設立宗旨；一方面代表醫院關懷員工的信仰、工作、生活，以組織具備醫療傳道精神的醫療團隊。
院牧部在醫院扮演的角色與發揮的功能如下：
一.輔助醫院達成醫療與傳道使命
本院為教會醫院，設立的目標是期待透過優質的醫療服務，積極提供病友、家屬及弱勢族群全人照顧與關懷，以彰顯上帝憐恤世人之慈愛精神，完成醫療傳道的使命。但是，台灣基督徒比例極低，只有2-3％，本院基督徒比例雖有18％左右，以絕大多數非基督徒的員工，要能彰顯基督教醫院的特色，實在是非常不容易的事情。
因此，院牧部在團隊運作的過程，積極扮演輔助的角色，以達成醫療傳道使命。例如：參與新進員工面試，協助選擇具備服侍精神的員工；參加各種委員會，提供符合信仰精神的建議，以執守關懷弱勢族群、善盡社會責任的核心價值；推展馬偕美德計劃，以提昇員工對基督信仰的認同。
二. 關懷病人以落實醫院全人醫治宗旨
人在病痛的時候，不只肉體經歷痛苦，心理也常因經濟壓力、社會關係疏離、身體變異、生活重新適應等因素而感到不安；甚至疾病也會讓人衍生對死亡恐懼、感到人生無意義、絕望等複雜的心靈困擾。因此，教會醫院的特色之一，就是透過醫療團隊密切合作，積極關懷病患在病痛當中所面臨的各種困難與痛苦，並遵循耶穌基督「愛人如己」的教誨，使病患及家屬無論肉體、精神、心靈各個層面，都獲得完整的醫治。
院牧人員平時積極從事患者住院期間之探訪及關懷，提供病人在情緒上、心靈上之支持，並在適當時機，將寶貴福音信息與他們分享，如果在醫院治療期間，有慕道或受洗的病人，出院之後，即為其轉介教會，讓教會接續培育、關懷的工作。病人於治療期間若不幸過世，院牧人員除了協助家屬處理喪禮事宜外，也會為其處理憂傷情緒。
三. 關懷醫院員工信仰與生活：
醫療工作的職分是非常神聖的，醫療團隊是上帝救贖人類的助手，但非常可惜的是，因為社會環境的變遷，醫療環境的惡劣，以及民眾意識的改變，迫使醫療任務變得有非常扭曲與艱難。因此，醫療服務成為一種長期處於高壓力的工作，醫院要期待達成身、心、靈全人醫治的目標，則執行醫療工作最重要的成員，必須先得著好的照顧，先擁有身、心、靈的健康。
院牧部同仁平時藉由各種團契活動、增長小組、全院靈修會的進行，培養醫院員工靈性增長，使其與自己、與人、與神、與環境皆有合諧的關係，能持續且熱忱地投入於醫療照護；同時，也藉助活動為團隊注入關懷、溫暖的氣氛，使因工作忙碌而身心俱疲之院內員工重新得力。對於有面臨特殊困難或壓力的同仁，牧師或關懷師會深入了解、幫助，期待能伴隨員工順利走出困境。
四. 舉辦牧關臨床教育
醫學中心擔負教學醫院的重要責任，因此，各種不同職系的單位，都接受各界委託，承擔教學、代訓的工作。院牧人員的專業在於臨床照護的工作，故為教會傳道人員、神學生及相關輔導專業機構人員辦理「牧會關顧臨床教育」(Clinical Pastoral Education)訓練，成為院牧部每年重要的工作。
牧關臨床教育簡稱C.P.E.，是結合神學、倫理學、心理學、醫學、社會學、輔導理論與技巧的一門臨床教育，教導學員藉著直接與病人的接觸，學習如何幫助『身、心、靈』陷於危機痛苦中掙扎的病人和家屬，以增進其具有處理危機和有效的輔導能力，並學習自我認識、自我察知、自我肯定等智能。受訓期滿，成績合乎規定者，會協助取得台灣教牧關顧協會（T.A.P.C.）結業證書。
五. 促進醫院與教會關係
醫院是教會肢體的一部分，接受教會監督完成醫療傳道工作，也肩負支援教會各種聖工的責任。院牧部通常扮演醫院與教會互動的窗口，負責推展醫院與教會各項合作關係的活動，維繫教會與醫院之密切關係，使教會永遠是支持醫院從事醫療傳道工作的最大後盾。
六. 協助歷史資料收集
醫院進展過程所衍生的歷史文物，是延續信仰精神的重要資產與教材，院牧部被託付隨時協助醫院整理並保存珍貴文獻的責任，並不時喚起院內同仁由歷史事件學習馬偕精神，使「寧願燒盡，不願銹壞」的精神能持續發揚。1999年協助醫院籌設院史館，即為積極保留醫院無形資產的具體成果。